O dispositivo foi reforçado para fazer face às necessidades da guerra e, em Outubro de 1961, já se encontravam em Angola três lanchas de fiscalização pequenas (LFP) destinadas a patrulhar a fronteira e o rio Zaire, as LFP Fomalhaut, Espiga e Pollux, sendo criado o Comando da Esquadrilha de Lanchas de Fiscalização do Zaire.

Em 1962, instalou-se em Santo António do Zaire o primeiro destacamento de fuzileiros especiais, o DFE1, e em Luanda a Companhia de Fuzileiros 1.

Em 1963, o dispositivo foi reforçado com o DFE3, também baseado em Santo António do Zaire, e posteriormente com o DFE4, colocado inicialmente em Luanda.

O dispositivo da Marinha em Angola, em 1964, estabilizou. Nesse ano, encontravam-se naquela província as seguintes unidades:

Navios:
– Duas fragatas (FF)
– Quatro patrulhas (PC)
– Navio oceanográfico, S. Correia
– Uma lancha de fiscalização grande (LFG), Pegaso
– Seis lanchas de fiscalização pequenas (LFP)
– Duas lanchas de desembarque pequenas (LDP)

Destacamentos de fuzileiros especiais:
– Quatro

Companhias de fuzileiros:
– Uma
 
Em 1965, chegaram três lanchas de desembarque médias (LDM) e, em 1966, o dispositivo foi reforçado com a lancha de desembarque grande (LDG), Ariete, e com mais quatro LDP.

Em 1967, os destacamentos de fuzileiros especiais passaram de quatro a dois, e as companhias de fuzileiros de uma para três. Os dois DFE e duas CF ficaram baseadas no Zaire e uma CF em Luanda.

A passagem de 1968 para 1969 foi marcada pela criação do Comando das Forças de Marinha do Leste, com a instalação de uma companhia de fuzileiros no Luso. Em 1970, a companhia de fuzileiros do Comando das Forças de Marinha no Leste foi substituída por um DFE.

O dispositivo naval, em 1970, manteria, com poucas alterações, até ao fim da guerra:

Navios:
– uma fragata;
– quatro patrulhas;
– três LFG;
– oito LFP;
– uma LDG;
– quatro LDM;
– dez LDP

Forças de desembarque:
– Dois DFE e quatro CFE

1 – Esquadrilha de Lanchas de Fiscalização do Zaire 
2 – Destacamento das Forças de Marinha no Zambeze (Chilombo)
3 – Destacamento das Forças de Marinha no Lungue-Bungo (Luatai)
4 – Destacamento das Forças de Marinha no Cuíto/V.N. Armada 
5 – Destacamento das Forças de Marinha no Cuando (Rivungo)
6 – Destacamento das Forças de Marinha no Cuanza

A Marinha sofreu em Angola, durante a guerra, treze mortos em combate.