Contrastando com os anos anteriores, 1969 foi um ano de grande movimentação legislativa, a qual deve ser vista como constituindo uma tentativa do novo Governo, presidido por Marcelo Caetano, para reformular diversos aspectos estruturais relacionados com a guerra que se travava nas colónias de África. É importante sublinhar que a maior parte dessas reformulações se destinavam, por um lado, a reforçar a acção dos comandos-chefes e a cooperação entre os três ramos das Forças Armadas, e, por outro lado, a fazer frente, por diversas maneiras, à escassez de oficiais e sargentos do QP, aumentando as fontes de recrutamento – já que a Academia Militar dava claros sinais de quebra de voluntários – e diminuindo as possibilidades de abandono do serviço activo, a solicitação dos próprios militares do QP. Para além das medidas tendentes a captar oficiais para a carreira das armas, abria-se a possibilidade à convocação e mobilização dos ex-oficiais milicianos que, num passado recente, tivessem transitado para a disponibilidade sem ter sido mobilizados para o Ultramar. Estas convocações tinham como objectivo a utilização destes oficiais como comandantes de companhia, uma vez promovidos a capitães-milicianos.

Na Guiné, prosseguiu o reajustamento do dispositivo, ficando o território dividido em quatro áreas: Oeste, Leste, Sul e Bissau. A retirada de Madina do Boé ficou marcada pela perda de meia centena de homens e de grandes quantidades de material, quando a jangada que fazia a travessia do rio Corubal se virou.

Ainda no capítulo da organização das forças para o combate, salienta-se a criação dos COP, isto é, comandos operacionais que podiam controlar a actividade de duas ou mais companhias ou de grupos especiais de milícias. A constituição dos COP foi uma forma hábil de Spínola ultrapassar a rigidez dos Batalhões de Caçadores e, principalmente, de poder escolher os comandantes operacionais, com o posto de major, sem ficar dependente da escala de nomeação de tenentes-coronéis. Outra novidade na organização para o combate foi a criação, no âmbito das forças navais (Fuzileiros), da Task Group 3, força a que foi atribuída uma área para patrulhamentos fluviais, onde as operações ficavam a cargo do Comando da Defesa Marítima da Guiné.

A reorganização das forças e um pequeno aumento dos efectivos nos conjunto dos três teatros de operações – 121.251 no final de 1969 contra 117.684 uma ano antes – não conseguem iludir as graves deficiências da instrução, que, somadas às limitações dos equipamentos e ao desgaste dos militares do QP, vão sendo responsáveis por baixas evitáveis e pelo insuficiente rendimento operacional. Esta situação é particularmente grave na Região Militar de Moçambique, onde o número de baixas mortais entrou num preocupante crescendo – 92 em 1967, 111 em 1968 e 147 em 1969.