Contrastando com os anos anteriores, 1969 foi um ano de grande movimentação legislativa, a qual deve ser vista como constituindo uma tentativa do novo governo, presidido por Marcelo Caetano, para reformular diversos aspectos estruturais relacionados com a guerra que se travava nas colónias de África. É importante sublinhar que a maior parte dessas reformulações se destinavam, por um lado, a reforçar a acção dos Comandos-Chefes e a cooperação entre os três ramos das
Forças Armadas, e, por outro lado, a fazer frente, por diversas maneiras, à escassez de oficiais e sargentos do QP, aumentando as fontes de recrutamento – já que a Academia Militar dava claros sinais de quebra de voluntários – e diminuindo as possibilidades de abandono do serviço activo, a solicitação dos próprios militares do QP. Para além das medidas tendentes a captar oficiais para a carreira das armas, abria-se a possibilidade à convocação e mobilização dos exoficiais milicianos que, num passado recente, tivessem passado à disponibilidade sem ter sido mobilizados para o ultramar. Estas convocações tinham como objectivo a utilização destes oficiais como comandantes de companhia, uma vez promovidos a capitães-milicianos.

Na Guiné, prosseguiu o reajustamento do dispositivo, ficando o território dividido em quatro áreas: Oeste, Leste, Sul e Bissau. A retirada de Madina do Boé ficou marcada pela perda de meia centena de homens e de grandes quantidades de material, quando a jangada que fazia a travessia do Rio Corubal se virou.

Ainda no capítulo da organização das forças para o combate, salienta-se a criação dos COP, isto é, comandos operacionais que podiam controlar a actividade de duas ou mais companhias ou de grupos especiais de milícias. A constituição dos COP foi uma forma hábil de Spínola ultrapassar a rigidez dos Batalhões de Caçadores e, principalmente, de poder escolher os comandantes operacionais, com o posto de major, sem ficar dependente da escala de nomeação de tenentes-coronéis.