No capítulo da instrução das forças especiais, o ano de 1965 fica marcado pela criação, na Região Militar de Angola, do Centro de Instrução de Comandos. Este Centro de Instrução vai funcionar como uma espécie de Escola Prática da especialidade, formando quadros e tropas da especialidade de Comandos.

Ainda no âmbito das forças especiais, refira-se que, na sequência da apresentação, em 30 de Junho, às autoridades portuguesas do ex-vice-presidente da UPA e ministro da defesa do GRAE, Alexandre Taty, acompanhado de algumas centenas de guerrilheiros da UPA, irão ser criadas condições para a constituição das chamadas Tropas Especiais (TE), as quais virão a ser empregues como unidades de contraguerrilha, sobretudo, a partir do Distrito de Cabinda.

O dispositivo da Marinha vai-se reforçando em Angola, na Guiné e em Moçambique, nomeadamente com a criação de esquadrilhas de lanchas, sendo que uma destas unidades fica totalmente dedicada à vigilância do lago Niassa. Aumentam, igualmente, as unidades de Fuzileiros especiais.

Em Outubro é criada a Zona de Intervenção Norte, em Moçambique, estrutura do Exército comandada, em acumulação, pelo comandante da Região Militar de Moçambique. Para assegurar a coordenação do emprego de meios aéreos e navais foram criados Centros Conjuntos de Operações, os quais, no entanto, se revelariam insuficientemente eficazes como elementos de coordenação de meios dos três ramos das Forças Armadas.

Prossegue o reforço do dispositivo militar português em África, passando as forças do Exército do conjunto Guiné-Angola-Moçambique de um total de cerca de 85.737 homens, no final de 1964, para um efectivo conjunto de 97.181, no final de 1965,
representando um acréscimo de 13,35%.

A falta de oficiais e sargentos do Quadro Permanente continua a fazer parte das principais preocupações do Governo. Das medidas adoptadas neste ano, para superar a escassez de quadros, destacam-se a redução da duração dos 2.os e 3.os anos dos cursos normais de Infantaria, Artilharia, Cavalaria e Administração Militar da Academia Militar, nos anos de 1965 e 1966, e um decreto que determina que os contratos dos sargentos, em tempo de guerra, passem a ser renovados automaticamente.