Centralização em cada Comando-chefe das operações militares de cada teatro de operações.

Ao fim de oito anos de guerra o Governo reconhecia a necessidade de um comando completo por parte dos comandantes-chefes nos teatros de operações. Esta centralização teve a forte oposição do ministro da Marinha, que conseguiu manter a actividade naval dependente dos Comandos Navais.

Spínola não esperara pelo decreto-lei e também não se sentiu limitado sempre que necessitou de utilizar meios navais nas suas operações. Chegou mesmo a dar ordens de emprego de navios contra a opinião do comandante da Marinha e a determinar que “alterassem as marés…”.

O Decreto-Lei n.º 49.107, de 7 de Julho de 1969, reorganizou os comandos-chefes, que passaram a ser os responsáveis pelas operações militares, criando-se um Quartel-General que contava com uma Repartição de Operações e Informações centralizadas.

As forças ficavam organizadas em guarnição normal e de reforço. A primeira seria de carácter permanente e organizada, tanto quanto fosse possível, à base do recrutamento local, excepto os quadros e especialistas. A segunda interviria quando os meios da primeira se mostrassem insuficientes para garantir a segurança na área de responsabilidade do Comando-Chefe.