Depois da chefia das Forças Armadas em Angola, Costa Gomes sucedeu a Venâncio Deslandes como chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas (CEMGFA).

Costa Gomes sucedeu no mais alto cargo da hierarquia das Forças Armadas a Venâncio Deslandes, tal como ele um sobrevivente da contestação política. Costa Gomes estivera envolvido na tentativa de pronunciamento contra Salazar, o golpe Botelho Moniz, e Deslandes estivera em conflito com Salazar através de Adriano Moreira, o ministro do Ultramar, quando, em 1961, ele era governador-geral e comandante-chefe em Angola. O regime preferia integrar os seus contestatários em vez de criar mais inimigos como Humberto Delgado e, desde que não contestassem a política ultramarina, que se transformara na pedra de toque pela qual eram avaliados os candidatos aos cargos do poder, podiam singrar até ao topo sem grandes limitações. Mas desde 1968, ano em que Deslandes assumiu o cargo de chefe do Estado-Maior General, ainda pela mão de Salazar, até Setembro de 1972, a situação militar alterara-se de forma a exigir agora à sua frente alguém conhecedor da guerra e das tropas como Costa Gomes.